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C. Di Pietro, A. Ferro, G. Pigola, M. Purrello, A. Pulvirenti, M. Ragusa, D. Shasha. ANTICLUSTAL: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering, Data Mining in Bioinformatics, Springer-Verlag London Ltd 2005, chapter 3, pp 43-57.
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A. Ferro, G. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, M. Ragusa, Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtranslation. BMC Bioinformatics. vol. 8 ISSN: 1471-2105, 2007. doi:10.1186/1471-2105-8-58.
C. Di Pietro, S. Piro, G. Tabbi, M. Ragusa, V. Di Pietro, V. Zimmitti, M. Anello, U. Consoli, E. T.Salinaro, M. Caruso, C. Vancheri, N. Crimi, M. G. Sabini, G. A. P. Cirrone, L. Raffaele, G. Privitera, Pulvirenti A., R. Giugno, Ferro A, G. Cuttone, S. Lo Nigro, R. Purrello, F. Purrello, And M. Purrello, Cellular and molecular effects of protons: Apoptosis induction and potential implications for cancer therapy. APOPTOSIS. vol. 11, pp. 57-66 ISSN: 1360-8185, 2006.
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M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Pulvirenti, G. Pigola, R. Giugno, E. Modica, V. Zimmitti, V. Di Pietro, T. Maugeri, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, A. Ferro. In vitro and in silico cloning of Xenopus laevis SOD2 and its phylogenetic analysis with AntiClustAl, a new algorithm for multiple sequence analysis, demonstrate very high aminoacid sequence conservation during evolution. DNA Cell Biology, Vol 24(2), 2005.
A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Shasha Fast Clustering and Minimum Weight Matching Algorithms for Very Large Mobile Backbone Wireless Networks, International Journal of Foundationsof Computer Science, special issue on Wireless Networks, Vol 14(2), pp. 223-236, 2003. [ pdf ]
A. Ferro, G. Gallo, R. Giugno, A. Pulvirenti Best-Match Retrieval of Structured Images, IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence Vol. 23(7): pp. 707-718, 2001. [ pdf ]
A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovi', A. Pulvirenti, D. Skripin, D. Shasha .
Graphblast: Multi-Feature Graphs Database Searching. Workshop On Network Tools And Applications In Biology - NETTAB 2007.S. Forte, A. Lagana', R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro.
Supervised Classification of Gene Expression Profiles Through Data Mining Techniques. Functional Genomics & Systems Biology, 2007.A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovi', G. Pigola, A. Pulvirenti. Distributed Clustering and Closest-Match Motion Planning Algorithms for Wireless Ad-Hoc Networks with Movable Base Stations. Med-Hoc-Net 2006.
A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovi', G. Pigola, A. Pulvirenti. Distributed Antipole Clustering For Efficient Data Search And Management In Euclidean And Metric Spaces. Proceedings IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium. IPDPS 2006.
R. Gueli, M. Mongiovi, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, G. Marati.
Time Series Data Mining: Techniques for Anomalies Detection in Water Supply Network Analysis, Proceeding of 7th International Conference on Hydroinformatics, World Scientific Publishing Company, 2006.R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Reforgiato Recupero,
Clustered Trie Structures for Approximate Search in Hierarchical Objects Collections,to appear in Proceedings of 3rd International Conference on Advances in Pattern Recognition ICAPR '05, LNCS.D. Cantone, A. Ferro, R. Giugno, G. Lo Presti, A. Pulvirenti,
Multiple-Winners Randomized Tournaments with Consensus for Optimization Problems in Generic Metric Spaces,in Proceedings of 4th International Workshop on Efficient and Experimental Algorithms WEA2005, LNCS 3503 pp. 265-276. [ pdf ]R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Ragusa, L. Facciolà, L.Patelmo, C. Di Pietro, V. Di Pietro, M. Purrello, A. Ferro
Locality Sensitive Backtranslation based on Multiple Sequence Alignment with Application to Phylogenetics, Proceedings of IEEE CIBCB, 2004.A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, R. Gueli, M. Mongiovi, A. Elia, D. Paparone.
Probabilistic Apriori and Episode Mining Technique for Intelligent Management of Water Supply Networks, Proceedings of International Conference on Hydroinformatics - Liong, Phoon and Babovic (eds), World Scientific Publishing Company, 2004.M. Ragusa, V. Di Pietro, A. Carnemolla, I. Tandurella, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, S. Stefani, C. Di Pietro, A. Messina, M. Purrello.
Structural and functional genomics of the apoptotic machinery: identification of new candidate genes for Parkinson Disease, Proceedings of the 7-th International Symposium on Molecular Medicine, 2004.C. Di Pietro, V. Di Pietro, G. Emmanuele, A. Ferro, T. Maugeri, E. Modica, G. Pigola, M. Purrello, A. Pulvirenti M. Ragusa, M. Scalia, D. Shasha, S. Travali, V. Zimmitti.
ANTICLUSTAL: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering and Linear Approximate 1-Median Selection, Proceedings of IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB’03) pp. 326-336, 2003. [ pdf ]M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa A. Pulvirenti, G. Pigola, R. Giugno, E. Modica, T. Maugeri, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, A. Ferro.
In vitro and In silico cloning of Xenopus laevis SOD2 demonstrates very high aminoacid sequence conservation during evolution. First European Conference: Functional Genomics and Disease. Prague, 2003.A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti
Efficient Boundary Values Generation in General Metric Spaces for Software Component Testing, Proceedings of the Int. Symposium on Verification: Theory and Practice 2003, LNCS 2772 pp. 318-331. [ pdf ]S. Battiato, A. Pulvirenti, D. Reforgiato
Antipole Clustering For Fast Texture Synthesis, Proceedings of WSCG 2003. [ pdf ]G. Gallo, G. Grasso, S. Nicotra, A. Pulvirenti
Remote Sensed Image Segmentation through Shape Refinement, Proceedings of 11th International Conference on Image Analysis and Processing (ICIAP), 2001. [ pdf | Bibtex ]
A. Pulvirenti,
Algoritmi e Strutture Dati per Problemi di Ottimizzazione e Ricerca Avanzata su Spazi Metrici di Grandi Dimensioni e Loro Applicazioni, Tesi di Dottorato, Università di Catania, Gennaio 2003, Tutor. Prof. Alfredo Ferro.Communications
C. Di Pietro, A. Ferro, R. Giugno, A. Laganà, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa, AntiClustAl: multiple sequence alignment by antipole clustering, atti del 7 Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania, settembre 2004.
C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Carnemolla, V. Di Pietro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, K. H. Grzeschik, M. Purrello, Structure, Expression and Evolution of TPG, a New Member of the TBP Family, Atti del 7 Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania, settembre 2004.
A. Pulvirenti AntiClustAl: multiple sequence alignment by antipole clustering, International Workshop on Non Linear Dynamics and Noise In Biological Systems, Torino, April 2004.
M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Pulvirenti, G. Pigola, R. Giugno, E. Modica, V. Zimmitti, V. Di Pietro, T. Maugeri, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, A. Ferro, La clonazione in vitro ed in silico di SOD2 di Xenopus Laevis e la sua analisi evolutiva mediante anticlustal, un nuovo programma per l’allineamento multiplo, dimostrano un’elevata conservazione della sua sequenza aminoacidica durante l’evoluzione. Associazione Italiana di Biologia e Genetica AIBG (www.aibg.it) 2003.
C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Pulvirenti, A. Messina, R. Giugno, E. Modica, A. Rapisarda, V. Giunta, G. Pigola, V. Zimmitti, V. Di Pietro, K. H. Grzeschik, R. Roeder, A. Ferro, M. Purrello, Identificazione ed analisi evolutiva di THG, un gene umano caratterizzato da elevata omologia a TBP, mediante un approccio combinato di biologia sperimentale e di biologia computazionale, Associazione Italiana di Biologia e Genetica AIBG (www.aibg.it) 2003.
D. Cantone, G. Cincotti. A. Ferro, A. Pulvirenti Efficient Approximate Algorithms based on Randomly Generated Tournaments, atti 2 Convegno del progetto di ricerca cofinanziato MURST "Modelli per il Trattamento della conoscenza parziale nel processo decisionale", Lipari 22-26 July 2000.